実験手法
使用原虫について
当グループで扱っているT. bruceiはSingle-Markerと呼ばれる株で，Lister 427株にTetリプレッサーとT7 RNAポリメラーゼを構成的に発現するよう改変したものである．Lister 427株は，ヒトへは感染せず，昆虫ステージへの分化も不完全である．その変異表面糖タンパク質（VSG）の型はVSG221（別名MITat1.2）である．この株は培養フラスコ中で純粋培養できる．培養には蛭海先生らが開発されたHMI-9培地が世界標準となっており，当研究室でもそれを使用している．この株のHMI-9培地での倍加時間は8～10時間で，3日に1回程度の継代培養が必要となる．
Lister427株は，ウガンダの感染ヒツジから1960年に採取されロンドンのLister研究所に持ち込まれたものとされているが，ロックフェラー大学のクロス先生は Tanganyika（かつてアフリカ南東部に存在した国，現タンザニアの一部）の感染家畜から1956年に採取されたShinyanga III株に由来すると考えられている．
なお，ゲノムの塩基配列が最初に決定されたT. bruceiはTREU927株であり，関連データベースも最も充実している．Lister427株は，TREU927とほぼ同じ遺伝情報を持つが，異なっている部分もあるため注意が必要である．
HMI-9培地レシピ（2L用）
1. FCS，SerumPlus，ヒポキサンチン溶液（0.1 M ヒポキサンチン，0.1 M NaOH）を冷凍庫から取り出し，室温の水浴で解凍する
2. 冷蔵庫に保存してあるIMDM粉末とピルビン酸ナトリウムを室温に戻す
3. 培養グレードの水1600mLに，以下の成分を順に溶解する．
IMDM粉末_28 g
炭酸水素ナトリウム_4.84 g
ウシ胎児血清_200 mL
SerumPlus_200 mL
ヒポキサンチン溶液_20 mL
バトクプロインジスルホン酸 二ナトリウム塩_56 mg
システイン_364 mg
ピルビン酸ナトリウム_220 mg
チミジン_78 mg
2-メルカプトエタノール_28 μL
4. ろ過滅菌後，冷蔵保存
Single-Marker株の培養には，Tetリプレッサー遺伝子とT7 RNAポリメラーゼ遺伝子の欠落を避けるために低濃度（2.5 μg/mL）のG418を加える．
細胞数測定
改良型ノイバウエル計数盤を使用して数える．計数中も原虫が移動するため，手早く数える必要がある．一般的な培養細胞とは形が異なり，サイズも小さいため，画像解析技術を用いたセルカウンター装置ではうまく計数できない．動きを止める必要があるときは，パラホルムアルデヒドで希釈する．
遺伝子導入
LONZA社のヌクレオフェクション装置でプログラムX-001およびHuman T Cell Nucleofector Solutionを使用すると，極めて高い効率で遺伝子を導入できる．T. bruceiは細胞内での相同組換え効率が高いため，遺伝子ノックアウト／ノックインが容易に実施できる．相同組換えを目的とする場合，5～10 μgの直鎖化したノックアウト／ノックインDNAコンストラクトを使用して，1～2週間程度で組換え原虫が得られる．
ゲノムDNA調製
PCRのテンプレートやサザンブロットに用いるゲノムDNAは，MRC社のDNAzolを使用して調製できる．PCRの場合，テンプレートDNAのかわりに原虫を直接加えても増幅は見られない．また，同社のDNAzol DirectはライセートをPCR反応系に直接投入できるメリットがあるが，増幅が効率が低い．多少手間がかかってもDNAzolを使用したほうが良い．1 mL程度の培養液（1E6 cells）があればPCRのテンプレート用には十分である．
免疫染色（間接蛍光抗体法）
蛍光標識した抗体を利用して，原虫中のタンパク質の局在を知ることができる．染色手順は，細胞をパラホルムアルデヒドなどで固定したあと，カバーガラスへ貼り付け，透過処理，ブロッキング，抗体反応へと進む一般的な浮遊細胞での手順と同じである．ただし，小さく細長い細胞なので，観察には63倍以上の対物レンズが必須になる．
RT-qPCR
市販のキットなどを利用して精製したトータルRNAから，オリゴdTプライマーを用いて逆転写反応を行い，得られた一本鎖cDNAをPCR増幅・定量することで，元のmRNAの発現量を知ることができる．ただし，T. bruceiのゲノムには，イントロンが無いため，徹底したDNase処理でゲノムDNAを完全に除かなければならない．